Tra i servizi fiduciari qualificati, validi a livello unionale introdotti da e-Idas2, sono stati inseriti quelli correlati alla gestione dei registri elettronici in grado di garantire integrità e accuratezza dell'ordine cronologico.
La definizione di registri elettronici, come sequenze cronologiche di registrazioni di dati elettronici, richiama, in maniera immediata, le nozioni di blockchain e di registri distribuiti: nel regolamento e-Idas2, il loro utilizzo, congiuntamente ad altre tecnologie è individuato ad esempio come funzionale a contribuire alla fornitura di soluzioni per servizi pubblici più efficienti e trasformativi, quali il voto elettronico, la cooperazione transfrontaliera delle autorità doganali, la cooperazione transfrontaliera delle istituzioni accademiche e la registrazione delle proprietà immobiliari nei registri catastali decentrati. Nessuna disposizione sembrerebbe però limitarne l'utilizzo, che potrebbe essere esteso anche alla tenuta nel tempo di scritture e di libri e registri contabili direttamente come sequenza di dati cronologicamente assicurata.
Analogamento a quanto disposto per i servizi qualificati di conservazione elettronica, il regolamento e-Idas2 si occupa di definirne gli effetti giuridici, anche qui distinguendo a seconda che ci si avvalga o meno di un servizio qualificato. In via generale, in virtù del principio generale di neutralità tecnologica, ad un registro elettronico non possono essere negati gli effetti giuridici né l'ammissibilità come prova in procedimenti giudiziari per il solo motivo della sua forma elettronica o perché non soddisfa i requisiti per i registri elettronici qualificati. Spetterà anche in questa ipotesi al giudice valutarne la validità e il rispetto della sequenzialità cronologica indispensabile per garantire l'integrità dei dati contenuti. Se invece le registrazioni di dati sono contenute in un registro elettronico qualificato, opera di per sé una presunzione del loro ordine cronologico sequenziale univoco e accurato e della loro integrità.
In questo caso, spetterebbe alla controparte l'onere di provare che il registro e le registrazioni stesse non presentano le necessarie caratteristiche di sequenzialità e integrità.
Anche per il servizio qualificato di registro elettronico opera la neutralità tecnologica, per cui non viene favorita né discriminata alcuna tecnologia. Saranno gli atti di esecuzione ad individuare come soddisfare i requisiti per i registri elettronici qualificati, tenendo conto comunque degli indicatori di sostenibilità ambientale. I registri elettronici qualificati devono comunque essere creati e gestiti da uno o più prestatori di servizi fiduciari qualificati, e devono stabilite l'origine delle registrazioni, garantendone l'ordine cronologico sequenziale con evidenza e tracciatura di eventuali modifiche.